Le Programme Madagascar a démarré en 2009 dans la région du Vakinankaratra.

En 2023, Cœur de Forêt Madagascar travaille dans 6 régions au moyen de 4 projets dont les objectifs spécifiques sont les suivants :

- Restauration et préservation sur le long terme des écosystèmes forestiers ;

- Diffusion et adoption par les producteurs des pratiques agroécologiques ;

- Développement d’un commerce équitable et durable en faveur des organisations de producteurs.